主尊为药师如来，及左胁士日光菩萨与右胁士月光菩萨之合称。其中，日光、月光二菩萨，在《灌顶经》(卷十二)中之译名为日耀、月净二菩萨。“药师如来”梵名Bhaişajya guru vaidūrya prabhārāja (药师琉璃光王)，通称为药师琉璃光如来，简称为药师佛。能除生死之病，故名药师;能照三有之暗，故云琉璃光。是东方净琉璃世界的教主，率领着日光遍照与月光遍照二大菩萨等眷属，在东方净土化导众生。
据《药师如来本愿功德经》所说、东方净琉璃世界纯一清净，无诸欲染，也没有三恶趣等苦恼之声。地是净琉璃所敷，城阙宫殿及诸廊宇，也都由七宝所造成。其庄严殊胜之处，恰好与阿弥陀佛西方净土，相互辉映。药师佛的弘法利生工作、系秉承成道以前所发的十二大愿而来。