在唐宋之际的中国佛教文献，在讨论佛教宗派时，并没有提及三论宗;“三论宗”一词主要是用来说明学习三论之学的旨趣，学习三论的僧侣，通常也会兼习其他书籍，如《续高僧传》说吉藏大师曾“讲三论一百余遍，法华三百余遍，大品、智论、华严、维摩等各数十遍。并著玄疏盛流于世。”
三论宗之名，始见于日僧凝然(1240-1321)所作《八宗纲要钞》与《三国佛法传通源起》，在《八宗纲要钞》书中也定下三论宗的传承祖脉。认为印度祖师之血脉以文殊菩萨为高祖，马鸣为次祖，龙树为三祖。龙树有二弟子，分二流，一者由龙树传龙智，清辨，智光，师子光;一者由龙树传提婆，罗睺罗多，沙车王子至鸠摩罗什。中国祖师起于罗什，传道生、僧肇、法融、僧睿、昙影、慧观、道恒、昙济。昙济传道朗、僧诠、法朗、吉藏，后传至高丽僧慧灌。日本三论宗初祖则为高丽僧慧灌，传福亮、智藏、道慈、善议、勤操、安勤。因为三论宗在印度及汉地的传承来自于后世日本僧人的整理，所以它的内容多有疑问。
日僧宜然房明道《三论玄义玄谈》认为，嘉祥大师以前称"古三论"，又称"北地之三论";嘉祥大师以后称为"新三论"，又称"南地之三论"。
日本学者前田慧云(1857-1930)《三论宗纲要》认为，罗什传至吉藏，称为古三论宗。而日照(613-687)三藏于唐高宗时，传来智光及清辨论师的三论学，后传至贤首法藏、新罗元晓，这个系统为新三论宗。但日照三藏所传的多为密宗及法相唯识学，并无中观派的作品，故此说可能是虚构的。
日本三论宗初祖为高丽僧慧灌，于隋唐之际入中国，于嘉祥吉藏门下学习三论，后奉使至日本，于元兴寺大弘三论(625)，这是日本宗派佛教的开始，为南都六宗之一。其后慧灌弟子智藏亦至中国投嘉祥门下，道慈入中土兼学六宗，分别为二祖、三祖。