普贤如来佛父就是如来藏的光明;普贤王如来佛母就是如来藏的空性，普贤如来佛父佛母，是所有坛城的本体。一切忿怒和寂静本尊、诸佛、菩萨都离不开普贤如来佛父与佛母的本质，因为我们心的本性空性就是普贤如来佛母;自性光明就是普贤王如来佛父。
这里讲的普贤如来佛父和佛母，不是父亲和母亲那样分别的，而是心的自性空与明而分的。在本教《九字真言修法仪轨》中讲的普贤王如来是白光裸体。原始本初佛普贤王如来为度六道一切有情众生，发不可思议胜妙大愿，使一切有情众生不由自主，超脱轮回，即可成佛。所以修炼普贤王如来的功德无量。