南朝的僧官制度
直接承继东晋，但又适应南朝政治的特点和佛教发展状况，而有所发展和变化。僧官分中央、地方和基层三级。中央僧官是统领全国佛教事务的最高一级僧官，官衙仍称僧司、僧局或僧省，大概由皇帝直接统辖，并不隶属于任何一种俗官机构;主官亦称僧主或僧正，常冠以‘天下’、‘国’的字样以示尊崇，并区别于地区性僧官。副职称都维那、大僧都、悦众等。地方性僧官层次较多，有的按照世俗行政区划分设州、郡僧官，有的根据佛教传播特点设立跨州、郡的区域性僧官，县级僧官唯见陈代曲阿县僧正一例。州、郡、县僧官的主官皆称僧正或僧主，副职称维那或僧都，或设或缺，随宜而定。基层僧官即寺院的僧职，包括寺主、上座、维那三种，合称为三纲。
在东晋以前，寺主等僧职只是僧众推举出来协调寺院宗教生活的办事人员，并无凌驾于寺众之上的政治权力，也无自己特殊的政治、经济利益，此时寺主尚不具备僧官的基本特征。
东晋以降，寺院由纯粹宗教共同体演变为含有政治、经济性质的社会组织，寺主等僧职逐渐由代表僧众意愿的公职人员演变为代表官府统制寺院的官员。至南朝时，寺主、上座、维那等僧职便正式成了基层僧官。其产生办法也由寺众推举，过渡为官府委派，甚或由皇帝敕任。中央、地方和基层僧官都享有俸秩，有一定的诠选、任免办法。
南朝的僧官制度已经有了上述内容，但还不很定型，不很成熟。南朝具有独立的尼僧僧官，梁武帝时又一度出现了由世俗人士任僧正的情况，称为白衣僧正，与僧人担任的僧正并存。这两点是南朝僧官制度中的新鲜内容，具有时代和地域特色。
北朝的僧官制度
佛教发展迅速，僧尼达到数百万，寺院多至数万座，其教团的规模远远超过了南朝。与此相适应，北朝各政权为了加强对佛教的统御，建立了庞大而强有力的中央僧官机构，初称监福曹，后改名昭玄寺，设置大昭玄统一员，昭玄统、都维那若干员，亦置功曹、主簿员，以管诸州、郡、县沙门曹。北朝寺职也已纳入到僧官系统中，所以僧官也分中央、地方和基层三级。
北朝僧官在教团内部具有巨大的统制权力，然而对于封建王权则主动依附、顺从，遂使僧官制度成为封建政权统治教团的工具。北周一朝曾对僧官制度进行改革，改僧统为三藏，同时缩小僧官的职权，三藏只管僧尼的教化，此外的僧籍管理、度僧造寺、寺院经济等佛教管理权转由司寂上士、中士、典命等俗官执掌。