根据《大宋僧史略》、《佛祖统纪》等史料记载，自汉代至西晋之间，为中国佛教之初传期，寺院、僧尼不多，译事与法事尚属初创，当时来华传教的沙门都由朝廷安置在负责接待各国来宾的鸿胪寺，因此当时有关僧尼事务就由鸿胪寺直接掌管。
两晋十六国时期佛教已发展成一股强大的社会势力，寺院和僧尼数量猛增，僧尼从事经济经营、参预社会事务的现象相当普遍，僧尼伪滥秽杂、违戒犯律的情况日益严重。针对这种状况，教团本身和封建官府都在积极寻求有效治理僧尼的办法，经过一段时间的探索尝试，约略于西元四、五世纪之交，中国南北两方分裂政权中的东晋、拓跋魏和姚秦先后正式设置了僧官。其中，东晋的僧官创设于安帝隆安五年(401)以前，中央僧官机构泛称为僧司，亦可称为僧局、僧省，主管僧官可能称为僧主、僧端，副职为都维那，还有若干属吏。其时地方僧官也已产生。拓跋魏的僧官始设于太祖皇始年间(396～397)，最高僧官称为道人统，但其下没有副职，也没有独立的僧务机构，僧官作为世俗政权附庸的色彩特别鲜明。姚秦的僧官制度大约在弘始三年(401)正式设立，略迟于东晋和拓跋魏，但内容比东晋、拓跋魏的僧官制度完备。中央僧官共有三员，主官称国内僧主，或称僧正;副职称悦众、僧都、僧录。下设吏员若干。彼此职责分明，办事效能较高。