区别在于如何达到“身口意”与佛相同的途径上。
显宗认为只要按照那些公之于世的佛经去做就可以了，所以显宗主张公开宣道弘法，显宗被称为显宗也是因为他们的这个观点。而密宗认为要想达到“身口意”，除了公开的佛教以外，还有一套秘密的方法，没有人传授密法，修行很难达到“身口意”，所以密宗强调传承、真言、密咒和灌顶和福慧双修最后成佛。
显宗此名为密宗根据自己的教判，将与之相区别的佛教诸派别称为“显宗”，即和密宗“秘密之宗”相分别的“显了之宗”。从密宗教理上说，即是由因向果施设，不重密咒修行的诸宗总称。
密宗以密法奥秘，不经阿阇梨亲自灌顶，不经阿阇梨亲自授三昧耶戒，并持执不怠，不经传授不得互相传习及显示非密宗信众，因此称为“密宗”。