有些人认为宗教与科学之间，存有不能调和的矛盾，在同一个人的思想中，绝不可能同时接受宗教和科学，似乎宗教便是不科学，而科学就是一定反性灵。其实，这种看法既非当然，又非必然，事实上也并不尽然。如果因为哥白尼、苏格拉底诸学者之死，便认为宗教是反科学、反理性的，那是以偏概全；倘使凭着大拜拜、拜火、拜物和跳神者的印象，认为宗教是不科学的，同样是选样误差。此类权威崇拜的洋迷信，和原始残存的土迷信，自然通不过科学的抉择，而且那些也并非真正的宗教。真正的宗教，升华人的价值而不贬抑人的自尊；解脱人类心灵而不桎梏人的精神；有朝闻道夕死可矣的肯决，无威胁、利诱等欺骗手段；是自由、平等、大慈大悲的，绝无赎罪、崇拜、信者得救的立场问题。科学家对此必善能抉择，也必不至于美丑不分、真伪不辨，一并扬弃。
科学的使命，在于探讨、发现、实证客观的法则，使之结合并服务于人生。宗教的目的，在揭开万有的实（真）相，究明生命的本源，从堪破生、死、苦、乐的问题，进而证得生命的永恒真常、真乐、真我、真净。科学而无宗教，形同有用无体，犹如无根之木、无源之水，非仅无裨人类福祉，适足导致人性偏枯和人类的毁灭；宗教而不科学，显然是迷信而非智信，只能愚弄信徒，难期予人们以心灵救济。
故知科学与宗教，分之则缺而不圆，背之将自陷偏枯。只有赋予科学以慈悲救世精神，才能除其功利之弊，去其唯物之失，以发挥其建设性的功用，美化人生，庄严世界，必须要求宗教能通得过科学的鉴定，才能破除迷信，建立正信，启迪正觉。因此，唯有宗教与科学结合成一体的两面，合作而又分工，方能尽其真，成其善，全其美。亦方能有裨于大同理想之实现，人间净土之圆成。