依止上师有三个阶段：观察、依止、修习上师的意行。首先要用智慧来仔细地观察、分辨，当自己能确认他是个具德的上师善知识，再去依止。具德的上师肯定会有无伪的慈悲心、广大的智慧、清净的传承，也一定有圆满的灌顶、殊胜的窍诀、清净的戒律、摄受弟子的能力。这些功德都具足了，才算是具德的、具足法相的上师。但是你要依止的话，还要考虑自己能不能随时亲近，随时沟通。观察好以后，你对他有信心了，觉得跟他很有缘分，你想依止他，这个时候你一定要从心里做决定：从今以后，我认认真真、老老实实地跟他学佛、修行。这样你就可以依止他了。
要把自己的身口意三门完全供养给上师，使它们变成上师利益众生的工具。修习上师的意行就是修上师瑜伽，跟上师相应。修上师瑜伽，最好是他怎么做你也怎么做，他怎么说你也怎么说，他怎么想你也怎么想。慢慢地你的身口意就和上师的身口意相应了。最好是把自己的心融入到上师的智慧当中。