这个问题古往今来一直都有争议，有的人说药师佛就是七佛药师经中的七佛之一，也有人说七佛药师经的七佛就是如来的七个化身，本是一体，不过显化不同而已。所以末学也不能妄加评判，那些有贤德的大能尚且不能将这个问题看明白，更何况比那些大能才疏学浅的末学呢?
不过无论是一佛还是七佛，对于我们而言，其实并不重要，我们可以依据自己的内心中的想法去进行修行，师兄觉得更喜欢药师经，那么就可以只修行药师经，如果师兄觉得七佛药师经更好的话，就可以去修行七佛药师经，无论师兄修行哪一种都不会影响师兄的修行效果。
不过末学建议师兄最好能够将两本经文都修行一遍之后，在做打算，因为每一部经文能够给我们带来的感触是不同的，师兄只诵读其中一本，可能就错过了另一本会给我们带来的感触，这样师兄可能会有很大的损失。
药师经原文讲述了药师如来的誓愿，并且里面还介绍了净琉璃世界的很多场景。而七佛药师经讲述的七个佛陀的誓愿，并且介绍了他们相应世界的一些情景。本文纯属个人见解，如有不妥，还请师兄多多海涵。