药师净土又称净琉璃世界，此净土位于娑婆世界之东方，因其国以琉璃为地，或以此世界及其教主本身皆清净如琉璃故有此称。《药师琉璃光如来本愿功德经》载：“东方去此过十殑(音jing)伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，应正等觉明行圆满。”同经十二大愿中之第2大愿说：“愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍。”又隋代达摩笈多译《药师如来本愿经》载，彼佛国土无女人形，离诸欲恶及一切恶道苦声，以琉璃为地，城阙、柱梁、斗拱、周币罗网，皆以七宝所成，如极乐国，国中有日光遍照及月光遍照二菩萨为最上首。药师如来及其净土的信仰，盛行于刘宋以后，药师净土之变相亦随着出现。
在释尊未说《药师经》之前，先说《阿弥陀经》，把西方佛国净土的依正庄严已说得很详细清楚，所以在东方净土的《药师经》中，只于学理多点述说，净土依正庄严的事相略为提到吧了。同时这二种法门，在《药师经》中已见有说法融会不可拘泥的地方。