香 赞：
炉香乍爇
法界蒙熏
诸佛海会悉遥闻
随处结祥云
诚意方殷
诸佛现全身
南无香云盖菩萨摩诃萨(三称)
净身业真言： 唵 修哆唎 修哆唎 修摩唎 修摩唎 娑婆诃 (三称)
净口业真言： 唵 修利 修利 摩诃修利 修修利 娑婆诃 (三称)
净意业真言： 唵 嚩日囉怛诃贺斛 (三称)
安土地真言： 南无三满多 母驮喃 唵 度噜度噜 地尾 娑婆诃 (三称)
普供养真言： 唵 誐誐曩三婆嚩袜日囉斛 (三称)
发愿文：
稽首三界尊，皈依十方佛，我今发宏愿，持此药师经。
上报四重恩，下济三涂苦，若有见闻者，悉发菩提心，
尽此一报身，同生琉璃国。
亲觐大慈父，殷勤闻真谛，
学习狮子吼，回返娑婆地，度众脱苦海，弘法利群迷。
奉请十二药叉大将
奉请 宫毗罗大将 奉请 伐折罗大将
奉请 迷企罗大将 奉请 安底罗大将
奉请 额你罗大将 奉请 珊底罗大将
奉请 因达罗大将 奉请 波夷罗大将
奉请 摩虎罗大将 奉请 真达罗大将
奉请 招杜罗大将 奉请 毗羯罗大将
奉请八菩萨
奉请 文殊师利菩萨
奉请 观世音菩萨
奉请 得大势菩萨
奉请 无尽意菩萨
奉请 宝檀华菩萨
奉请 药王菩萨
奉请 药上菩萨
奉请 弥勒菩萨
南无药师琉璃光如来(三称)
南无日光遍照菩萨(三称)
南无月光遍照菩萨(三称)
南无药师会上佛菩萨(三称)
开经偈：
无上甚深微妙法，
百千万劫难遭遇，
我今见闻得受持，
愿解如来真实义。