初读药师经的时候应该并清除仪轨是什么，仪轨的意思就礼仪规矩，学习药师经也是有它的礼仪规矩的，是不可以我们乱学习的，毕竟我们读的经文是一件比较严肃的事情，所以我们一定不要太过随意，所以说学习药师经是有它的一套规矩礼仪的。
不管我们做什么都要遵守它的规矩，就像我们生活中的规矩一样，我们都知道在公共场合是不可抽烟的，在上课的时候要专注听讲，考试的时候我们也不可以作弊，所以说，每个地方都是有它的规矩的，所以我们不管做什么事情都要遵守它的规矩。
所以我们大家在学习药师经的时候一定要遵守它的规矩，它最简单的仪轨就是我们在修行的时候要一心向佛，心如杂念，在修行的时候要供药师的佛像，不要在卧室里面供养，这样对佛像不尊敬，最好在比较安静的地方供养，这样我们都可以静下心来去修行。
所以我们在学习药师经的时候一定要遵守它的规矩，不要做一些不合规矩的事情，而药师经怎么修，只要遵守规矩，静下心来，就会很好的学习下去。上面都是个人的见解，如果有什么不对的地方，还希望大家能够多多的谅解。