日本真言宗自根本之小野、广泽二流开始，虽衍生众多流派，然中世以来仅大别为新义、古义二派，江户时代，古义派多属高野山，新义派则隶属丰山、智山二山。明治五年(1872)设立教部省，初以高野山为古义派之总本山，以智、丰二山为新义派总本山，由二派三山之住职轮流出任真言宗管长，未久以东寺得古义派总本山之认可，遂由二派四山交替任管长职，统辖全日本真言宗寺院。
十一年，仁和、大觉、广隆、神护、法隆、西大、招提等七山合为西部真言宗，别置管长，四山轮流制乃废，而东寺、高野二山则号真言宗。第二年，内务省命废各部派管长，而应以一宗设立一管长，乃以东寺为此宗之总本山，设法务所，以统辖全宗。十八年，智、丰二山合称真言宗新义派。二十九年，醍醐寺请愿独立一派。
三十三年，古义派中，仁和寺称真言宗御室派，高野山为高野派，大觉寺为大觉寺派，醍醐寺为醍醐寺派，东寺、劝修寺、随心院、泉涌寺等四山合称真言宗;新义派中，智、丰二山亦分裂，各称新义真言宗智阶派(劝修寺)、真言宗小野派(随心院)、真言宗泉涌寺派。大正十四年(1925)，高野、御室、大觉寺三派联合，以金刚峰寺为总本山，其他二寺为本山，改称古义真言宗。昭和六年(1931)，小野派又以善通寺为本山，派名改为善通寺派。