古义真言宗教重要者有七大派，即：真言宗高野派，宗祖空海，本山在高野山金刚峰寺;末寺(指隶属本寺之寺院)有2760所。依古义各派联合制规，金刚峰寺座主任真言宗联合高野山大学总理及高野山中学校长，并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学，以教育门下子弟。
真言宗山阶派，宗祖空海，派祖严觉，大本山在山科劝修寺。为昌泰三面(900)，醍醐天皇之母后发愿所建，以承俊为开山。有末寺120余所。并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学校，以教育本派子弟。
真言宗醍醐派，宗祖孔海，派祖圣宝，总本山在山城醍醐寺。其法流称小野流。领有末寺940余所，并协同各寺派等，经营京都专门学校。
真言宗御室派，宗祖空海，派祖为宽平法皇(宇多天皇)，本山在山城御室仁和寺。其寺为光孝天皇敕愿，于仁和二年(886)，在小松乡大内山麓创建。本派又衍出广泽御流、西院流、宝寿院流、忍辱山流、传法院流、华藏流等派。末寺有1200余所，并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学校，以教育门下子弟。