正法眼藏，又称为清净法眼。本指释迦世尊一生所说的无上正法。正法眼藏又指彻见真理的智慧之眼，透见万德的秘藏之法，也就是佛内心所证悟的境界。
禅宗用来指佛陀和历代禅宗祖师教外别传之心印。据《释氏稽古略》卷一曰：释迦世尊在灵鹫山中对众弟子开示佛法奥义时，大梵天王手持金色波罗花进献佛陀。世尊拈花示众，人天百万悉皆不知所措，只有迦叶尊者破颜微笑。世尊曰：吾有正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶。
佛陀在传正法眼藏给迦叶尊者之后，嘱咐弟子要广泛传播，莫令自己证悟的心法断绝。《传灯录》卷二云：（佛）说法住世四十九年，后告弟子摩诃迦叶，吾以清净法眼，涅槃妙心，实相无相，微妙正法将付于汝，并敕阿难副贰传化无令断绝。《传灯录》又云：尔时世尊欲涅槃时，迦叶不在众会。佛告诸大弟子，迦叶来时可令宣扬正法眼藏。《大般涅槃经》卷二云：尔时佛告诸比丘，我今所有无上正法悉以付嘱摩诃迦口十，是迦叶者当为汝等作大依止。
禅宗将正法眼藏看作最深奥的菩提，专指由释迦世尊辗转传至菩提达摩，以心传心，以及由师父之心传至弟子之心。释迦世尊将正法眼藏传付摩词迦叶，迦叶尊者接法之后又代代相传，传至印度菩提达摩禅师为西天第二十八代祖师。达摩禅师遵从师父达摩多罗的遗教，后来来到东土弘扬禅法，救度中土的苦海众生。达摩禅师渡海来中土之后，将正法眼藏传给二祖慧可禅师，慧可又传给三祖僧璨禅师，僧璨又传绐四祖道信禅师，道信禅师传给五祖弘忍禅师，弘忍禅师又传法给六祖惠能禅师，是为中土禅宗六代祖师。达摩禅师则成为中土第六代祖师。惠能禅师为禅宗第六代祖师。
佛陀将自己所证悟的无上心法，传付给摩诃迦叶尊者，同时还传付了衣钵作为信物。这就是禅宗史上所谓内传心印，以契印心；外传袈裟，以定宗旨。《景德传灯录》卷三载：师曰：汝得吾髓。乃顾慧可而告之曰：昔如来以正法眼付迦叶大士，展转嘱累而至于我。我今付汝，汝当护持。井授汝袈裟以为法信。各有所表，宜可知矣。可曰：请师指陈。师曰：内传法印，以契证心；外付袈裟，以定宗旨。
在禅宗史上，还有许多以正法眼藏命名的书籍。日本曹洞宗祖永平道元禅师曾撰述《正法眼藏》一书。道元禅师花费了二十三年时间，用日文汇编而成的法语集。道元禅师所著的正法眼藏，是佛教教义、经典、日常工夫、法门指示、公案剖析等编录而成。全书共分九十五篇，被誉为日人所作之最高哲学书。本书为研究曹洞宗必不可少的参考书。
宋代高僧大意宗杲禅师（1089―1163）也著有《正法眼藏》。本书为宗杲禅师于南宋绍兴十一年（1141）因罪迁居衡阳，其间与诸方大德往来酬酢之法语，为侍者冲密、慧然随手抄录，于绍兴十七年编录而成，俗称大慧正法眼藏。书中收录了古尊宿的机缘法语集，总计有一百多篇，每篇还附有宗杲禅师的短评。
宗杲禅师还在该书序文中对正法眼藏的含义作了解释。序文云：正法眼藏者，难言也。请以喻明。譬如净眼洞见森罗，取之无穷，用之无尽，故名曰藏。夫藏者，含藏最广，邪正相杂，泾渭难辨。甚至邪能夺正，正反为邪。故似泉眼不通，泥沙立壅。法眼不正，邪见层出。剔抉泥沙，而泉眼通。剪除邪见，而法眼正。自非至人，其何择焉。