齐建元中(479-483)，稍见异迹，数日不食，亦无饥容。与人言语，始若难晓，后皆效验。时或赋诗，言如谶记。京土士庶，皆共事之。”对于宝志禅师的这些神异事迹，一般人是不可能理解的，齐武帝萧赜认为他是在惑众，于是将他收入了建康的监狱之中。但在收狱的第二天早上，人们又见宝公出现于市，待到有司查验监狱时，宝公却仍然收检如故。尽管如此，齐文慧太子、竟陵王子良仍十分尊敬宝公，尝送食物到狱中以饷宝公。也因为宝公的灵异事迹依然如故，于是建康令吕文显将之奏禀齐武帝，武帝闻之，将宝公延入后堂，但仍禁止其出入，可是宝公的出入依然如故。到梁武帝即位(502)后，才解除了对宝公的拘禁。《景德录》卷二十七曰：
梁武帝即位，下诏曰：“志公迹拘尘垢，神游冥寂，水火不能焦濡，蛇虎不能侵惧。语其佛理则神闻以上，谭其隐沦则遁仙高者，岂以俗士常情相拘制?何其鄙陋一至于此!自今勿得复禁。
宝志禅师”知名显奇四十余载，士恭事者不可称“，梁天监十三年(514)冬，宝公密谓门人曰：菩萨将去。”未及旬日，无疾而终，举体香软。“宝公圆寂后，梁武帝礼葬他于钟山独龙之阜，并在其墓侧建开善精舍，敕陆倕为他作墓志铭、王筠为他刻碑于寺门。