此百字明咒包含了新旧密宗一切如海寂静、愤怒本尊心咒之精华，所以强力猛烈地祈祷金刚萨垛，念诵百字明咒，等于祈祷一切本尊，念诵一切本尊心咒。而金刚萨垛心咒是百字明咒之精华，因此，无论念百字明还是念心咒，只要修法相应，具足无伪的信心，毫无疑问可以净除一切破密乘戒、菩萨戒、别解脱戒所犯根本罪及支分罪，更何况其他一般罪障。
忏除罪障的关键是行者一定要生起信心来认真修持。《普贤上师言教》云：“如果如此一心专注，并不掺杂庸俗之语，而一次性地(在同一段时间中)念诵一百零八遍百字明，则往昔所造的一切罪障及失戒必定全部得以清净，这是上师金刚萨垛亲口允诺的。《无垢忏续》中也说：‘百字明中一切善逝的智慧精华，能够净除所有的失戒与分别念的罪障，称为一切忏悔之王。若一次性念诵一百零八遍，则可酬补一切所失之戒，将从三恶趣中获得解脱。