马头金刚本身有多种化相，四续部都有修持方法，各教派也都比较重视和修习，从而衍伸出多支传承。其中的密相马头金刚，属于无上密续本尊，在格鲁派内比较流行。密相马头金刚的咒轮，可以对治及防止各种魔类、邪术、星兆不祥、地神及龙族灾害等，力量远远高于其它咒轮。
格鲁派密相马头金刚的传承也很殊胜，是来自嘎举的“奔顿究刚巴”的祖师(Dpon Ston Skyur Gang Pa)。奔顿究刚巴是一位香巴噶举派的祖师，修行境界很高，以“梦身”去到莲华生大师座前，请求一个能令众生轻易地除障伏魔的法门，莲师便向他传授了这个密相马头金刚。
密相马头金刚的形象，如仪轨中所描述：
红色三头共六臂，中红右绿左白脸，
上有马头翠绿色，怒啸震慑众邪魔，
右持金杵尸杖剑，左手斥印矛肠绳，
表情愤怒具九相，尸林装束具八足，
左伸右屈踩八蟒，周围熊熊烈火烧，
在西藏，马头金刚是咒师们的主要本尊。每逢有旱灾、水患或任何大自然灾害，咒师以及僧人或者牧民们便会聚集一起，修诵这位本尊的仪轨，来禳解灾难。
修持马头金刚本尊，不单可以除障，而且临终可以往生于观音或弥陀的净土。故此，不仅藏密非常重视马头 金刚，即使日本的东密也同样极其青睐。
马头明王的主要功德为：降伏罗刹、鬼神、天龙八部之一切魔障， 消无明业障、瘟疫、病苦、免一切恶咒邪法等。 修持此本尊法，可获无痛苦之大乐空性成就果位。 诸本尊中唯有马头明王在发髻上有一或三个马头。 此表征为啖食一切众生无明罪障，摧破诸恐而现之形。