马头明王一面表示空性，二臂表示智悲双运，三目圆睁表示降伏三界恶魔，獠牙可怖势态表示具有众生无明业障，摧破诸恐怖而现形。 右手持骷髅宝杖表示灭伏一切魑魅之恶业，左手以期克印表示除断一切恶障。头戴五骷髅冠表示五佛性能，双足右屈左伸表示降伏烦恼、蕴、天子、死等四魔之意。马头明王的主要功德为：降伏罗刹、鬼神、天龙八部之一切魔障，消无明业障、瘟疫、病苦、免一切恶咒邪法等。修持此本尊法，可获无痛苦之大乐空性成就果位。诸本尊中唯有马头明王在发际上有一或三个马头。此表征为啖食一切众生无明罪障，摧破诸恐而现之形。
佛经中讲：马头明王的主要功德为：降伏罗刹，鬼神，天龙八部之一切魔障，消除无明业障，瘟疫，病苦，免一切恶咒邪法，故有许多法器，马头明王金刚橛上安置本尊的头像!此莲花马头金刚陀罗尼为七佛所说，诵一遍便解脱一切罪业，能塞恶趣之门，龙等诸魔不能害，解脱毒害诅咒，一切祸殃等。一切诸佛慈悲摄受，能使分争合好等。且无量功德也。若诵一遍，除一切罪恶，诵二遍，得吉祥。诵十万遍，得长寿。诵百万遍，亲见本尊，往生莲花刹土。并说：此咒能治龙魔所致心，不欢喜等身病，肿瘤，尿频，半身枯萎，疗毒，热邪麻疯，毒病，等种种病，并能抵制一切邪魔，此法亦能解龙魔诅咒之害也。