在禅宗发展史中，佛性论有数种表现形态，如佛性内在论、佛性修现论、佛性显现论等。道元对先尼外道计佛性为内在之“我”、以及将佛性比喻为草木之种子等说法皆予以批判，反对将佛性视为内在于众生的一种实体。同时，道元也反对将佛性理解为通过修行办道而显现出来的存在。如道元针对《涅槃经》的“欲知佛性义，当观时节因缘。时节若至，佛性现前”时云，“古今之凡夫往往误认‘时节若至’之言为以待佛性将来先前之时节，如是修行之，自然逢遇佛性现前之时节。时节若未至，即便参师问法，即便功夫办道，(佛性)不会现前。恁么见取，徒还红尘，空守云汉。
赵州禅师对道元禅师的影响主要有两个方面,一是赵州禅师的行履和修持极大地影响到道元禅师的生活理念和禅理念,包括避居偏僻之地,甘受困苦生活,远离尘俗,严守戒律,不离丛林,坐禅办道等。在道元禅师的“只管打坐”禅风所体现出的出世主义、苦行主义、精英主义中都有赵州禅师的流风遗影。在《正法眼藏》等著作中,道元数次提到“赵州古佛”,并认为赵州之境界有同代禅宗大德所不及者,其服膺崇仰之情,昭然可见。
二是通过对赵州禅师的代表性公案的评点、发挥,提出了“悉有”即“佛性”、“柏树、佛性”即“有”等独特的佛性论。这种佛性论不同于以往的佛性内在论、佛性修现论和佛性显现论,可以概括为一种佛性显在论。这种佛性论体现了道元独特的时间观、圆融观,也是其“修证一如”、“只管打坐”修行观的理论基础。