在所有佛法修行的法门中，最难的就是这个法门，能够修下来，也就是九十天能够走下来的，历史上最有名的就是天台祖师，宋朝的慈云遵式大师。慈云遵式大师当时已经病得很重，不断地吐血，可能是肺痨，就是现在的肺结核。那时还没有药能够医治这个病，大师自己也知道这个病的严重性——将不久于人世了，所以就豁了出去——修般舟三昧，发愿一定要把最难的这个法门修下来。
一方面是忏悔自己的业障，业障重，病才重嘛。我们的很多病，都是属于业障病，还有些病是由于四大不调引起的，还有些病纯属心病：内心过于执着，过于偏执，过于烦恼。过于忧虑，过于高兴，过于担心，过于惊恐，种种情绪过了都会生病。中医所讲的喜、怒、忧、悲、恐五情，都会影响到我们身体的五脏，所以情绪不能过激，不然必定生病。修般舟三昧，应该是忏悔消除业障最好的一种方法。我们在生活当中，能感觉到的很多业障，其实说白了，是不堪一击的。比如说：因为爱面子，人多的时候，有人说你两句不中听的话，你就会难受，觉得无地自容。但是仔细想想，我们的生命真的需要什么面子吗?你没有错，人家说说有什么关系呢?但我们就是做不到!就会跟人家争执、辩解，甚至怀恨在心。像类似的这些无关痛痒的、不是事的事情，如果你能够修般舟三昧，让自己的身体恳切苦到，苦到这两个字，就是苦到极限啦，苦到让你受不了;受不了，再继续苦，苦上加苦……回过头来，生活中对鸡毛蒜皮的那点承受力，实在是小儿科了。