顶礼的时候，双手如《大解脱经》所云：“如莲花待放，合掌于顶上。”合掌时不可仅仅以两手的指尖接触，也不可掌心毫无空隙地并拢，而应如莲花苞一样空心合掌。然后，先在心间一合掌，按无垢光尊者的观点，这表示对诸佛菩萨的恭敬之情。
接着依次下来，第一步合掌在头顶发旋处(有些人合掌在前额，这不是很正确)，观想对佛陀金刚身顶礼，依此自己无始以来身体所造的一切罪业得以清净，获得佛陀金刚身的加持;
第二步合掌在喉间，观想对佛陀金刚语顶礼，依此自己无始以来语言所造的一切罪业得以清净，获得佛陀金刚语的加持;
第三步合掌在心间，观想对佛陀金刚意顶礼，依此自己无始以来内心所造的一切罪业得以清净，获得佛陀金刚意的加持。三门合掌之后，观想得到三门清净的功德，遣除三门一切罪业。
最后五体投地顶礼，前额、两手掌、两膝盖这五个部位都要接触地面。可以磕长头，也可以磕短头。站起来时身体要挺直，观想清净五毒，获得五身，以及得到佛陀身、语、意、功德、事业五种加持。
站起来的时候腰要端直、头要正，礼拜的时候不能跟别人说话，不能东张西望，否则都是不如法、不恭敬的顶礼，绝对不允许。这样的顶礼不仅没有任何功德，甚至还有罪过。如果头不正，下辈子很容易变成歪脖;腰不端直，来世很容易托生为驼背者，感受恶的果报。所以大家一定要如理如法地顶礼。