因为六根是六识的工具，作善作恶，固然是出于六识的主张，造成善恶行为的事实，却是在于六根的作用。人之流转于生死轮回的苦海之中，就是由于六根不曾清净，自从无始以来的一切罪业，均由六根所造，比如眼根贪色、耳根贪声、鼻根贪香、舌根贪味、身根贪细滑、意根贪乐境;有贪，也必有嗔，贪与嗔，是由无明——烦恼而来，合起来，就是‘贪、嗔、痴’的三毒交加，恶多善少，永无出离生死苦海的日子了。
修持解脱道的工夫，不外戒、定、慧三学。但慧的主要根源是戒与定。所以修持的入门工夫应从身心两方面着手：一是修身，一是修心。把不好的念头修理掉，称为修心，修心的主要工夫是禅定。把不好的行为修理掉称为修身，修身也可称为修行。修身的主要工夫是持戒。持戒的主要目的是守卫六根的大门，不让坏事从六个根门溜入我们的心田，以至种下生死轮回的祸苗。因为一个凡夫，除了进入禅定的境界而外，就不可能去除妄想。妄想是促成六根造业的导火线，佛教的戒律就是妄想与六根之间的保险丝或灭火器，在戒律的防卫下，六根才能渐渐清净。一旦到了六根清净的程度，超凡入圣的境界也就快接近了。
六根清净了，就能六根互用，这在一般人眼中看来，难免会说这是神乎其神的神话。事实上，我们之所以不能六根互用，正因为自己把六根的官能限制住了，也就是说，我们利用六根而执取六尘，六尘充塞了六根，障碍了六眼，六根便成了六尘的奴才，也习惯地成了六尘的应声虫，色尘来了，眼根应付，声尘来了，耳根应付，香尘来了，鼻根应付，舌、身、意根，也是一样。
如果不是这样，如果六根不执六尘，六根不受六尘的支配与诱惑，那么，六根就从六尘之中得到了解脱，解脱了的六根，便是自由的六根，自由的六根，自然可以彼此互用而不分界限了。这个自由的六根，也就是清净的六根，因为自由的六根虽然仍与六尘打交道，但已不受六尘的引诱而造生死的染污之业，所以称为六根清净。