胎藏界曼荼罗十二院，总数四百十四尊，从它的部族分类来说，有三部类——佛部、莲花部、金刚部。这三个部类表示胎藏界为本觉下转的化他门，所以就大日如来的大定、大悲、大智三德而分三部。佛部是佛果上理智慧具足之尊，即中台八叶院及上下诸院，属大定德。莲花部是如来大悲三昧，能滋润万善，故比作莲花，即可放观音院、地藏院等，属大悲德。金刚部是佛的智慧力用，能摧破惑业苦三障，故比作金，即左方金刚手院，除盖障院等，属大智德。
这三德在表现上虽然有三部，实际是互具不离的。如《大疏》第五云：“大凡此第一重上方(遍知院)是佛身众德庄严;下方(持明院)是佛持明使者，皆名如来部门;右方(观音院)是如来大悲三昧，能滋荣万善，故名莲花部;左方(金刚手院)是如来大慧用，能摧破三障，故名金刚部也。”佛陀瞿耶的《大日经广释》说：“佛部从大圆镜智和平等性智发生是大定德，莲花部从妙观察智发生是大悲德，金刚部从成所作智发生是大智德。”
如果配四种法身，则中台八叶名自性身，三部眷属是自受用身，第二重的诸大心众生是他受用身，第三重的释迦佛等是变化身，九界眷属为等流身。为了表示色心二法、理智二门，所以为金胎两部。胎藏以莲花为体，即表众生八叶肉团心，在此处建立坛场，故曰胎藏界。金刚界以五股金刚杵为体，五股金刚杵表五智，即大日如来的三昧耶形，在五股金刚杵上建立坛场，故曰金刚界。
胎藏界从生烦恼欲处起，金刚界从佛果智上起。因此，胎藏为生界本有，属理，故诸尊住在莲花瓣的月轮中。莲花表理，月轮表智，智住理内，表示不二。金刚界为佛界修生，属智，故诸尊住在月轮内莲花中，理住智中。理住智内，也是不二。因此金胎两部是色心、理智互具不二，为了说明便利，所以分成两个部分。