据三无性论卷上载，唯阿摩罗识无颠倒、变异，故谓之如如。转识论则谓，实性即阿摩罗识。又据十八空论载，阿摩罗识乃自性清净心，然为客尘所染，而谓之不净。据金刚三昧经载，众生一切之情识皆转入庵摩罗。至于阿摩罗识之体性，据圆测之解深密经疏卷三及四分律疏饰宗义记卷三本等所说，真谛三藏以真如与真如智为阿摩罗识之体性。然唐代福成寺之道基于摄论章(华严孔目章发悟记卷十五之引文)驳斥真谛之主张，谓阿摩罗识仅以如如之理法为体性。
在唯识学中，六识之外尚有末那识及阿赖耶识，并称八识;摄论宗又在八识之外另立第九识阿摩罗识，地论宗、天台宗亦有采此说者。而玄奘系统则认为第八识即已包括清净之一面，故不另立第九识。又宋译楞伽经卷一所说之真识，即第九识。
藏传佛教噶举派“大手印”的修持，须经四次灌顶(瓶灌、密灌、慧灌、胜义灌)和四瑜伽(专一瑜伽、离戏瑜伽、一味瑜伽、无修瑜伽)的修持，则眼耳鼻舌身之“前五识”转为“意识”，意识再转为“末那识”，末那识继转为“阿赖耶识”，阿赖耶识又转为“阿摩罗识”，直到阿摩罗识破而转为“法界体性智”，便完成了“转识成智”的心灵修持程序，这个程序在内丹学中称作“炼神还虚”。“法界体性智”即是道教内丹学中所称万劫不坏的一点“灵明性体”，也是佛学的“真如佛性”。
阿赖耶识和阿摩罗识(在佛典中多将阿摩罗识归入阿赖耶识之内，不作分别，但和丹经比较发现仅有阿摩罗识和丹经中之元神相当)在佛学中称作“去后来先作主公”的“轮回种子”，在尚未“转识成智”之前由它作主，但既转识成智之后，不受轮回，即由佛性(法界体性智)作主了。阿摩罗识转为“法界体性智”之后，其他各识亦随之而转，阿赖耶识转为“大圆镜智”，末那识转为“平等性智”，意识转为“妙观察智”，“前五识”转为“成所作智”，皆为“法界体性智”之妙用。