唐高宗麟德元年(公元664年)，唐僧 玄奘圆寂。高宗赐葬 铜川 玉华宫，三年后赐迁 白鹿原，后又奉旨葬在 樊川 平原的 兴教寺。
广明元年(公元880年) 黄巢入关，兴教寺的三藏舍利塔被毁，唐僧顶骨暴露。一僧人发现后拾取顶骨，移至 终南山紫阁寺，建塔供奉，刻碑记之。
《景定志》卷四十六：“宋端拱元年( 公元988年)，僧可政往终南山，得 唐三藏大遍觉元奘 大法师顶骨，为建塔归瘗于( 长干)寺。”
明 洪武十九年(公元1386年)，唐僧顶骨被迁葬在天禧寺之南，建三藏塔供奉。明成祖永乐六年(公元1408年)天禧寺毁于大火，成祖再建 大报恩寺，并继续供奉 玄奘顶骨。
清朝末年，大报恩寺毁于太平天国内哄。1942年日军在 南京中华门外 雨花台旁建神社时，无意挖掘到地宫，从中找到密藏唐僧顶骨的锦盒，发现众多佛像、法器及珠宝，石函两侧刻有唐僧顶骨迁徙的记载。日军将唐僧顶骨打碎成多份掠至 日本，经 南京政府交涉，日方私留1份，其余归还 中国。
唐僧顶骨初分为6份： 广州、 天津、 北京、 成都各得1份， 南京2份。 南京分得的2份分别供奉在 玄武湖和保存在 南京博物馆。上世纪80年代初 灵谷寺开放，将保存在 南京博物馆的顶骨移至灵谷寺供奉，顶骨置于真空玻璃器皿中，外罩佛教协会赠送的“佛牙塔”。
1955年， 郭沫若率 中国文化访问团出访印度，将天津的顶骨赠予印度，至今供奉在印度 那烂陀寺;日本的顶骨后来分成3份。五十年代初， 台湾僧俗向日本争取，其中1份送到台湾 日月潭 玄奘寺供奉。日本留下的两份分别供奉在 奈良市的药师寺和琦玉县的慈恩院。
1999年， 南京灵谷寺的顶骨又分出1份给台湾，供奉在台湾新建的 玄奘大学。
北京的顶骨在“***”中流失;广州的顶骨也下落不明;成都的顶骨1966年后移送到 成都文殊院，至今完好。
唐僧顶骨舍利历1340余年，几经迁徙，劫波之余，今世存9份：成都1份、 南京2份、台湾2份、 西安1份，以及日本2份、印度1份。