一体自性三身佛，是指人人本具佛性，只要真心修行，都可以当下见性，即心是佛。这里的自性三身，是修习唯识实性可以获得的“解脱身”。《坛经》中说：“于自色身，归依清净法身佛。于自色身，归依圆满报身佛。于自色身，归依千百亿化身佛。”这里说出的就是清净法身、圆满报身和千百亿化身。清净法身，就是获得佛性智慧之后的澄明状态;圆满报身，就是不染善恶的状态;千百亿化身，即法身和报身的外现，善则外化为善行，恶则化为恶性行等。
慧能也用自性解释了三身所对应的三身佛：清净法身佛，就是众生本身即是如来法身，所以人的自性本即清净，并能生出一切诸法;圆满报身佛，就是说自性所生的般若光如果能涤除一切情感欲望，就会像一轮明日高悬于万里晴空之中，光芒万丈，圆满无缺;自性化身佛，说的是修行者如果能坚信自性的力量就可以胜于一切化身佛，则此心向恶，便入地狱，若起毒害之心，便为龙蛇;若此心向善，便生智慧，若起慈悲之心，便为菩萨。慧能认为每一个人本来就具足这个三身。这三身佛都是从自性而产生，至于怎么样使用就要依靠众生自己去选择了，这些自性也不可能从外求得。所以说世间人的自性本来就是清净的，一切万法无不从自性而生。
而佛教的三身是指法身，报身，应化身。三千年前释伽牟尼佛住世八十年示现的是应化身佛。化身是因缘成熟，释伽牟尼佛从报身起应化身来娑婆世界，渡化众生。皈依三身佛并不是皈依外在的三身佛，而是皈依自性本有的一体三身佛。皈依三身就是破除贪嗔痴，明心见性，破无明。
就像清净的天空有时候阳光明媚，有时候乌云遮盖。自性就好比是天空，智慧是日月。若执着于外界，就会被乌云遮盖，这时就需要佛法的清风把乌云吹散，显示自己的自性。一念起贪欲，就像地狱一样，执迷不悟就会受到各种苦。一念生成智慧心，就会像上方诸天一样清净。