我国禅宗自六祖慧能之后，以百余年间，禅徒仅以道法相授受，多岩居穴处，或寄住于律宗寺院，龃龉时生，马祖道一开创丛林，以安禅侣；其后又有百丈怀海以禅众聚处，尊卑不分，说法住持未合规制，制定百丈清规。自此，丛林之制，开始完备。
丛林规模，初时较小，仅有方丈、法堂、僧堂及寮舍。以住持为一寺之主，尊为长老，居于方丈。初不立佛殿，唯建法堂（后世乃立佛殿）。所有禅众尽入僧堂，依戒腊之久近安排位次，并施行普请法（集体劳动），无论上下，均须参加生产劳动以自给。又置十务（十职），称为寮舍，每舍有首领一人。
于丛林未设之前，寺院首脑为三纲，即上座、寺主、维那（都维那），皆为领导大众维持纲纪之职僧。既设之后，古规所载之执事则有首座、殿主、藏主、庄主、典座、维那、监院、侍者等名目。后世丛林组织日渐庞大，各寺家风不同，住持者多因时制宜，自立执事，名目层出不穷，禅苑清规所载丛林执事之名目有二十三种。
丛林的种类，以其住持传承方式的不同，又可分为子孙丛林和十方丛林两种。
十方住持院属于公请各方著名禅师任住持的禅院，又称十方丛林。子孙住持院的住持是一种师资相承的世袭制，又称子孙丛林。子孙住持院经本寺僧众同意可以更改为十方住持院，而十方住持院原则上不许更改为子孙住持院。少林寺自元代雪庭福裕起，改为子孙寺院，奉行七十字辈。