印度后期密宗金刚乘，是以本初佛为诸法的本源，并认为五方佛都是本初佛所流出。但是在金刚乘诸派中，有人以本初佛为五方佛之一，也有认为普贤王如来、金刚萨埵、普贤菩萨或持金刚是本初佛。在《大日经》胎藏界毗卢遮那如来说：“我一切本初，号名世所依，说法无等比，本寂无有上。”金刚界大日如来则是依广大普贤行，成就善愿之意，所以名为普贤如来，又名普贤法身。所以，在胎藏界及金刚界，都有以大日如来为本初佛的思想存在。
胎藏界大日如来及金刚界普贤如来，实质上代表着我们修持成就时的第一尊佛。我们自身的这个生命，从无始无明以来，现前实证体悟到产生无明之前，本身就具有光明法性。本初佛就是我们修行成就时，从自身发生的第一尊佛。就我们自身来说，是时空中的第一尊佛，并不是宇宙中有了第一尊佛再开始流传，这些都是我们回观自照而来的。
人人具有佛性，释尊菩提树下证悟说的第一句话：“奇哉!奇哉!大地众生皆有如来智能德相，只因妄想执着而不能得。”所以自性中的光明法性，就是本初，我们修持成就时，就是时空中的本初佛。