第一道咒语为除盖障菩萨灭罪咒。此咒亦见于麦彭仁波切的《净除业障百咒功德》第二十五个咒语。其咒文为：“嗡阿莫达奔德匝瓦玛哈色卡索哈”。看起来不同，实际上就是此处第一个咒语的咒心部分。因为藏族人念梵语，有的发音不是非常精准，比如pra，梵语为"不啦"，藏式发音则常念为“抓”，还有ca，ja，这些在藏音里都是匝。va梵语是“哇”，但藏音是“巴”。所以梵文的vajra，也就是金刚一词，应该念作“瓦基拉”，而藏音是“巴匝啦”或者“班匝啦”。故读者应知，虽然一个出现在房山石经，一个出现在净除业障百咒功德，实际上此咒其实都是一样的。
关于其功德，《除盖障一百零八名号经》中云：“嗡阿莫达、奔德匝瓦、玛哈色卡索哈，除盖障汝之功德如意宝陀罗尼咒能令一切有情心生大安乐。闻此咒者曾于十恒河沙数佛前积累过善根。获得名声，远离诸障。于有舍利之佛塔前于上弦月初八、十五受斋戒，供养香花灯等后，边转绕边持诵此咒，则获得一切所欲，遣除一切罪业、痛苦、畏惧，以香供养除盖障菩萨并诵此咒，则其于梦中显相，圆满一切心愿，消除一切烦恼、痛苦。”此外，经中说：仅仅耳闻此菩萨的名号也能清净一切罪障，仅仅念诵名号也是大地震动……
第二道咒语也出现在大日经的第九品。房山石经上叫做悲力陀罗尼。大日经里则出现了其手印的结法。百度里搜索“除盖障菩萨”最后面的“除障真言”即是此咒。其观想为梵文啊“aH”字。可以是白色，金色等。