黄檗在洪州高安县鸶峰山建寺弘法，并改其名为黄檗山，往来学众云集。会昌二年(842年)，裴休在钟陵(今江西南昌、新建、进贤等地)迎请黄檗禅师上山，安置在龙兴寺，旦夕问道，并随录日常对话成集，为《钟陵绿》。
大中二年(848年)裴休移镇宛陵(今安徽宣城县)，又请黄檗至开元寺，随时问道，并记录为《宛陵绿》，即现行的《传心法要》。大中四年(850)，圆寂于宛陵开元寺，赐谥号“断际禅师”。塔号“广业”。有《语录》、《传心法要》问世。他的法嗣有临济义玄、睦州陈道明等十二人，以义玄为最。
黄檗希运禅师开创了临济宗禅风。临济宗风最为强劲，其禅法特色，影响久远，成为中国禅宗中波及面最大、渗透力最强的宗派。先游天台，后至上都(西安)，行乞时，遇一老妪，问答之间，希运“玄门顿而荡豁”。老妪介绍他至江西参马祖道一。
至南昌道一已逝，乃瞻礼祖塔，遇百丈怀海于塔旁，乃参之。从此，投于怀海门下。据《古尊宿语录》卷二载，希运曾向怀海请教道一平日的机缘，怀海向他说起“竖拂”被喝、三日耳聋的一段公案：我再参马大师侍立次，大师顾绳床角拂子。我问即此用，离此用。大师云：“汝他后开两片皮，将何为人?”我取拂子竖起。大师云：“即此用，离此用。”我挂拂子旧处，被大师震威一喝，我直得三日耳聋。