道医学把五行学说应用于医学领域，以系统结构观点来观察人体，阐述人体局部与局部、局部与整体之间的有机联系，以及人体与外界环境的统一，加强了道医学整体观念的论证，使道医学所采用的整体系统方法进一步系统化，对道医学特有的理论体系的形成，起了巨大的推动作用，成为道医学理论体系的哲学基础之一和重要组成部分。随着道医学的发展，道医学的五行学说与哲学上的五行学说日趋分离，着重用五行互藏理论说明自然界多维、多层次无限可分的物质结构和属性，以及脏腑的相互关系，特别是人体五脏之中各兼五脏，即五脏互藏规律，揭示机体内部与外界环境的动态平衡的调节机制，阐明健康与疾病、疾病的诊断和防治的规律。
传统道医学的五行，是中国古代哲学五行范畴与道医学相结合的产物，是道医学认知世界和生命运动的世界观和方法沦。传统中医学对五行概念赋予了阴阳的含义，认为金、木、水、火、土，乃至世界的各种事物都是阴阳的矛盾运动所产生的。阴阳的运动变化可以通过天之风、热、温、燥、湿、寒六气和在地之木、火、土、金、水五行反映出来。道医学的五行不仅仅是指五类事物及其属性，更重要的是它包含了五类事物内部的阴阳矛盾运动。以宇宙全息思想应用在五种物质的变化之中，最终才可实现人身机体的自行和谐，实现人体通则不病的健康状态。