马头明王的主要功德为：降伏罗刹、鬼神、天龙八部之一切魔障， 消无明业障、瘟疫、病苦、免一切恶咒邪法等。 修持此本尊法，可获无痛苦之大乐空性成就果位。 诸本尊中唯有马头明王在发髻上有一或三个马头。 此表征为啖食一切众生无明罪障，摧破诸恐而现之形。
马头金刚(梵名Hayagriva)是观音千千万万化身中之一种化相，是帮助修行者降魔除障的忿怒形相。他相貌凶恶，令人毛骨悚然。但他的忿怒形相，是为了利益众生而现的，其背后是对众生之悲心，而并非忿怒或嗔恨心。
在西藏，马头金刚是咒师们的主要本尊。每逢有旱灾、水患或任何大自然灾害，咒师以及僧人或者牧民们便会聚集一起，修诵这位本尊的仪轨，来禳解灾难。
修持马头金刚本尊，不单可以除障，而且临终可以往生于观音或弥陀的净土。故此，不仅藏密非常重视马头金刚，即使日本的东密也同样极其青睐。